Stage BAC+5 - Développement apps web pour la spectrométrie de masse/Microbiologie - F/H/D
Description du poste
Contexte du stage
Depuis la découverte des microbes par Pasteur, les microorganismes sont étudiés par microscopie et analyses biochimiques. Ces méthodes traditionnelles sont longues et fastidieuses, aussi bioMérieux a développé une plateforme d'identification révolutionnaire, baptisée VITEK®MS Prime.Celle-ci permet d'identifier des microorganismes en moins de 10 minutes, contre 6 à 8 heures précédemment. La technologie repose sur une intelligence artificielle capable d'interpréter un profil protéique obtenu à l'aide d'un spectromètre de masse de type MALDI-TOF.
Pour continuer à apporter des solutions innovantes, bioMérieux a engagé un programme de recherche pluridisciplinaire (microbiologie, génomique, protéomique, mathématiques, bioinformatique et informatique) en partenariat avec un laboratoire académique (thèse de doctorat en cours).
Le stage s'insérera dans ce contexte et se déroulera à bioMérieux sur le site de Marcy l'Etoile au sein du Département de Recherche en Microbiologie dans le Laboratoire de Spectrométrie de Masse.
Quelle est votre mission chez bioMérieux ?
L'objectif du stage sera de participer au développement de nouvelles méthodes de caractérisations de microorganismes à partir de données VITEK®MS. Plus particulièrement, il vise à concevoir en phase amont une plateforme d'applications web pour la caractérisation de micro-organismes à partir de données VITEK®MS.
Le déroulement du stage peut être décomposé en 4 volets :
- - Immersion dans la problématique du laboratoire et compréhension de la question biologique (aucune connaissance en biologie n'est requise, le stagiaire sera formé au laboratoire).
- - Formation à l'utilisation des ressources de calcul et au développement d'outils internes.
- - Proposition d'une solution technique en discussion étroite avec l'équipe du laboratoire.
- - Implémentation de la solution retenue et déploiement de l'outil validé au sein de la plateforme interne de bioMérieux.
- Description du profil
- - Deuxième ou troisième année d'école d'ingénieur ou niveau master 2 dominante informatique ou science des données. Vous avez des connaissances dans les domaines suivants :
- - Langages de script (R et/ou Python) et utilisation de Linux en lignes de commandes
- - Bases de données relationnelles (SQL) et sémantiques (SPARQL)
- - Dashboards : R/Shiny ou Streamlit
- - DevOps : gestion de version par Git & GitLab, outils CI/CD de Gitlab
- - Cloud : Concaténation par Docker, utilisation de Kubernetes & Helm
- - Des notions de statistiques exploratoires, d'apprentissage supervisé ou d'apprentissages machine classiques seraient appréciée (kNN, regression logistique, SVM, Random Forest, Gradiant Boosting …).
- - Des compétences en bioinformatiques ne sont pas un prérequis.
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